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INPUTしたらOUTPUT!

忘れっぽいんでメモっとく

RStan v2.8.2でエラーが発生する場合の対処法

(2015.1.7追記) このポストとほぼ同時にRSrtan v2.9.0がCRANに上がってた。。。orz


久しぶりにRStanを実行しようとしたら色々ハマったのでメモしとく。
(@sinhrks氏と@hoxo_m親分に大感謝)


環境

  • MacBook Pro (15-inch, Late 2011)
  • OS X EI Capitan(10.11.2)
  • R version 3.2.3 (2015-12-10)


エラー内容

基礎からのベイズ統計学: ハミルトニアンモンテカルロ法による実践的入門

基礎からのベイズ統計学: ハミルトニアンモンテカルロ法による実践的入門

の6章のコードを実行すると"stan/services/init/init_adapt.hpp"が見つからなくてエラーになる。


> fit <- stan(file=scr, data=data, iter=ite, seed=see, warmup=war,
+             pars=par,chains=cha)
(中略)
 compileCode(f, code, language = language, verbose = verbose) でエラー: 
  Compilation ERROR, function(s)/method(s) not created! clang: warning: optimization flag '-ffat-lto-objects' is not supported
clang: warning: argument unused during compilation: '-ffat-lto-objects'
In file included from file7843c269091.cpp:444:
In file included from /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rstan/include/rstan/rstaninc.hpp:3:
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rstan/include/rstan/stan_fit.hpp:69:10: fatal error: 'stan/services/init/init_adapt.hpp' file not found
#include <stan/services/init/init_adapt.hpp>
         ^
1 error generated.
make: *** [file7843c269091.o] Error 1
 追加情報:  警告メッセージ: 
 命令 '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD SHLIB file7843c269091.cpp 2> file7843c269091.cpp.err.txt' の実行は状態 1 を持ちました  

githubには既にissueとして認識されていてv2.9.0で修正されるみたい。

move src/stan/services · Issue #1616 · stan-dev/stan · GitHub


対処方法

RStan / PyStan 開発版を GitHub からインストールする - StatsFragments

を参考にgithubのコードをコンパイルしてインストールする。

git clone git://github.com/stan-dev/stan.git
git clone git://github.com/stan-dev/rstan.git
cp -R stan rstan/stan
vi makefile 
make build
make install


上記リンク先の

自分は TeX 設定してないので、vignette, manual をビルドしないように設定 ( makefile 108 行目のコメントアウトを外す)。

は2016.1.5時点では66行目になっていた。


動作確認

> fit <- stan(file=scr, data=data, iter=ite, seed=see, warmup=war,
+             pars=par,chains=cha)

SAMPLING FOR MODEL 'model611' NOW (CHAIN 1).

Chain 1, Iteration:     1 / 11000 [  0%]  (Warmup)
Chain 1, Iteration:  1001 / 11000 [  9%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  2100 / 11000 [ 19%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  3200 / 11000 [ 29%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  4300 / 11000 [ 39%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  5400 / 11000 [ 49%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  6500 / 11000 [ 59%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  7600 / 11000 [ 69%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  8700 / 11000 [ 79%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration:  9800 / 11000 [ 89%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration: 10900 / 11000 [ 99%]  (Sampling)
Chain 1, Iteration: 11000 / 11000 [100%]  (Sampling)# 
#  Elapsed Time: 0.107373 seconds (Warm-up)
#                0.207752 seconds (Sampling)
#                0.315125 seconds (Total)
# 

無事に動いた!


からの罠orz

> traceplot(fit, inc_warmup=F)
 if (debug) { でエラー:  引数の長さが 0 です 
> plot(fit)
ci_level: 0.8 (80% intervals)
outer_level: 0.95 (95% intervals)
 if (debug) { でエラー:  引数の長さが 0 です 

R で関数のデフォルト引数を変更する(魔改造編) #rstatsj - Qiitaによるとrstanがggplot2のバージョンアップに対応できていないとのこと。


この件については@hoxo_m 親分が既に魔改造以外のワークアラウンドを用意してくれている。

rstan 2.8.2 - bug in traceplot under Windows · Issue #247 · stan-dev/rstan · GitHub

devtools::install_github("hoxo-m/fixer")
fixer::fix_params_persist(ggplot2:::titleGrob(debug = FALSE))


上記のワークアラウンド実行後にtraceplot, plotをそれぞれ実行すると正常に表示された。

> traceplot(fit, inc_warmup=F)

f:id:tak95:20160105105331p:plain:w400


> plot(fit)

f:id:tak95:20160105105402p:plain:w400



  • みどりぼん のときは普通に動いていたのに今回は泥沼だった。。。
    • RをアップデートしていたのでRStanを再インストール
    • Xcodeを入れようとするとOSのバージョンアップを求められる
    • OS X EI Capitanにアップデート
    • Xcodeをインストール
      • インストール後にXcodeを起動する必要がある(これに気付かず数時間ネットを彷徨う羽目に)
    • RStanをソースからインストール
  • ggplot2, rstanそれぞれバージョンダウンして実行した方が良いのかな・・・